『リンクのボウガントレーニング』は「Wii ザッパー」をボウガン（クロスボウ/弓銃）に見たてたガンシューティングゲームです。主人公リンクがボウガンを使って、マトを射抜いたり、迫り来る敵達を撃ち倒していきます。
「ゼルダの伝説 トワイライトプリンセス」の世界観をモチーフにし、同ゲームのグラフィックエンジンを使って作られていますが、ストーリー的なつながりはありません。
題名にも「ゼルダの伝説」が外されており外伝的なものですが、「トワイライトプリンセス」の一場面を彷彿とさせるステージがたくさん用意されています。
メインメニューから3種類のゲームを選んで遊べる。
1レベルごとに3つのステージがある。全部で9レベル、計27ステージ。
ステージは大別して「Target Shooting（ターゲット・シューティング）」「Defender（ディフェンター）」「Ranger（レンジャー）」モードのいずれか。
最初はレベル1〜3しか遊べないが、ブロンズメダル（20,000ポイント）以上獲得する事で、次のレベルがアンロックされる。
| Lv | ステージ名（英） | 和訳 | モード |
|---|---|---|---|
| 1 | Ordon Target Practice | トアル村・射的練習 | T |
| Gerudo Stalfos Ambush | ゲルド砂漠・スタルフォス奇襲 | D | |
| Bulblin Hideout Raid | ブルブリンのアジト襲撃 | R | |
| 2 | The Goron's Target Practice | ゴロンの射的練習 | T |
| Battle on Zora's River | ゾーラ川の戦闘 | D | |
| Skull Shooting | 頭蓋骨シューティング | D | |
| 3 | Kakariko Target Practice | カカリコ村・射的練習 | T |
| Fruit Balloons | フルーツ・バルーン | D | |
| Kargarok Assault | カーゴロック強襲 | D | |
| 4 | Zora's Waterfall Challenge | ゾーラの滝チャレンジ | T |
| Graveyard Ambush | 墓場での奇襲 | D | |
| Skulltula Forest Ranger | スタルチュラの森レンジャー | R | |
| 5 | Oocca Target Practice | 天空人の射的練習 | T |
| Gerudo Moldorm Ambush | ゲルド砂漠・デグテール奇襲 | D | |
| Kakariko Shootout | カカリコ村狙撃戦 | R | |
| 6 | Back to Ordon Target Range | 再びトアル村の射的練習場 | T |
| Carriage Escort | 馬車護衛 | D | |
| Snowpeak Ruins Encounter | 雪山の廃墟での交戦 | R | |
| 7 | Underground Target Range | 地下射的練習場 | T |
| City in the Sky Defence | 天空都市防衛 | D | |
| Retaking the Temple of Time | 時の神殿奪還 | R | |
| 8 | Horseback Target Run | 流鏑馬 | T |
| Snowpeak Wolfpack | スノーピーク・狼の大群 | D | |
| Darknut Duel | タートナックと決闘 | R | |
| 9 | Ordon Ranch Defence | トアル牧場防衛 | D |
| Sacred Grove Puppet Battle | 森の聖域・パペット戦 | D | |
| Fossil Stallord Battle | 蘇生古代獣 ハーラ・ジガント戦 | D |
「スコアアタック」でレベル（3ステージ）の合計得点によってメダルが与えられる
全9レベルでプラチナメダルを獲得しても特に何も出ないようです。
赤いマトは10ポイント、緑のマトは50ポイント。それぞれ中央部分を射抜くと得点が3倍になる（赤 = 30、緑 = 150）。
また撃ってはいけない青いマトもあり、間違って撃ってしまうとマイナス 100 ポイント。
マトは「Target Shooting」モード時のみ出現する。
「ゼルダの伝説 トワイライトプリンセス」に登場した大小さまざまな敵が登場。敵の種類によってポイントが違う。
同じ敵でも色違いがあり、基本的に赤い方が高ポイント。
敵達は主人公リンクに襲いかかり、リンクが攻撃を受けるとポイントがマイナスになる。
コッコ（ニワトリ）や天空人等、敵以外の生き物を間違って撃ってしまうとポイントがマイナスになる。
フィールド上に何気なく置かれているツボやタル、建物のトビラなど、破壊可能なオブジェクトを撃つとポイントが入る。
特定のツボやタルなどに隠されている。
出現後すぐに撃つと 1000 ポイントで、時間が経つにつれ得られるポイントが減っていく。
特定のツボやタルなどに隠れており、見つける事ができれば 1000 ポイント。
胴体を撃つ毎に頭が膨らんでいく。胴体を8回撃ち、頭がパンパンに膨れ上がった時に頭を撃つと 1000 ポイント。
カカシを「胴体8回 + 頭1回」撃って破壊すると別の場所にもう一つカカシが現れることがある。2つ目のカカシも「胴体8回 + 頭1回」撃って破壊すると、マトがたくさんあり通常のルートよりも高得点が狙える隠しルートに行ける。
隠しルートがあるステージ：「1-1」「3-1」「4-1」「7-1」
ミスする事なくマトや敵を撃っていく事でコンボがつながり高得点になる。
以下の条件でボーナスポイントが入る
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