3DS版での変更点（詳細）
グラフィックの向上・他
3DS「ゼルダの伝説 時のオカリナ3D」と同等のグラフィックになり、立体視にも対応。
ジャイロセンサーを使った操作も搭載。
下画面のタッチ操作にも対応。
時計
時計は上画面に棒状に表示される。時間がデジタル表示になり分単位までわかりやすくなる。
レーティング
対象年齢が「CERO:A（全年齢対象）」から「CERO:B（12歳以上対象）」に区分されなおし。
バランス調整
N64版は「ゼルダの伝説 時のオカリナ」を遊んだことがある前提した作りになっていたが、今作では初めて「ゼルダの伝説」を遊ぶ人でも楽しめるよう、何も説明していなかった部分も分かりやすく工夫（仕掛けに気付いてもらえるシステムの導入）。
ボス
弱点が視覚的に分かるようにデザイン変更。ボス登場シーンに弱点である目玉が大きくフィーチャーされる。
ボスにダメージを与えてダウンさせると、弱点が露出するので追撃する形に変更。
- オドルワの後頭部に目玉。
- ゴートの背中に目玉。目玉は弓矢で攻撃できる。
- グヨーグの口の中に目玉。4ボス中、デザインが大幅に変化。
- ツインモルドの頭部に目玉。巨人の仮面で巨大化すると剣ではなく己の拳で戦う。ツインモルドを掴んでぶん投げることもできる。
ボスの行動パターンも大幅に変更され、それに伴い攻略方法も変化。
ボス部屋へのワープポイントは一度ボス部屋へ来たことがあれば開通（ボスを倒していなくてもOK）。
新規要素
釣り堀が2ヶ所追加される。
沼地への道の沼の射的場の隣に沼のつりぼり、ソーラのみさきに海のつりぼりがある。
釣り堀の利用は有料（50ルピー）だが、「つりぼり券」があれば無料で釣りができる。
お金を払った後、「普通の釣竿」か「沈むルアー付きの釣竿」のどちらかを選択できる。
沼と海の釣り堀ではそれぞれ10種類以上の魚が釣れる。
New 3DS
新旧 3DS、どちらで遊んでもグラフィックなどには変化なし。
しかし New 3DS では C スティックを操作してカメラアングルを自由自在に変更できる（旧型 3DS では下画面のカメラアイコンをタッチすることで、アナログパッドおよびジャイロを使ったカメラアングル操作が可能）。
セーブ
大翼の石像でいつでもセーブ可能になる。
また要所には羽ペンの石像が設置されていて、そこでもセーブできる。
3DS 本体を閉じると中断も可能。
オリジナルでは時の歌を演奏して最初の日に戻ると自動的にセーブされていたが、3DS版ではセーブされなくなった。
シーカーストーン
時計塔内にシーカーストーンが置いてあり、そこに入ると謎解きのヒント映像が見られる。
クロックタウン
- 南エリア、時計塔の裏が少し広くなり、そこに銀行と大翼の石像が移動。
- オリジナルではエリア間の通路は真っ黒だったが、3DS版では通路の先が描かれている。
- ボンバーズ入団テストで、5人のメンバーの居場所が一部変化。
- アキンドナッツのデク花に近付いた際に毎回見せられるアキンドナッツの登場シーンが、2回目以降は早送りになる。
ボンバーズ団員手帳
- ボンバーズ団員手帳はボンバーズ入団テスト合格後ではなく、お面屋からもらえる。
- 住人の行動予定が書きこまれる「よてい」がリニューアル。地図でイベント発生場所を確認できる。
- 「じけんメモ」が追加され、他のイベントの進行も管理できる。
- アラーム機能でセットした時間になるとチャットがお知らせしてくれる。
クロックタウンにいるボンバーズ団員に話しかけると、事件の噂を聞けることがある。
オカリナメロディ
- 時のかさね歌 - オリジナルでは半日単位でしか時間を進められなかったが、3DS版では1時間単位で同日の好きな時刻を指定できて時を進められる。
- 時の逆さ歌 - 弱体化（時の流れの遅くなる倍率が3倍→2倍）。
仮面・お面関連
- デクナッツリンクで回転アタックすると、帽子の先端が木の枝のようになる。
- デクナッツリンクでシャボン弾を膨らませ続けても、割れることはない。
- デクナッツリンクでデク花ジャンプの最中、真下を見下ろせ、デクの実を投下した際にどこに落ちるか分かりやすくなった。
- ゴロンリンクで丸まって移動する際、ボタンを押し続ける必要がなくなった。
- ゴロンで水に沈んだ後の現象が変更。N64版ではゴロンで深い水に沈むと「強制的にリンクの状態になり、そのエリアに入ってきた入り口に戻される」。3DS版では「ゴロンが最後に触れていたまともな足場に、ゴロンの姿のままで戻される」。
- ゾーラリンクの泳ぐ速度ダウン。バリア発動中（魔力消費）時のみ速度アップ。
- 大妖精（＋大妖精のお面）のツタの色が黄色から緑に変更。
- オリジナル版ではボス部屋でしか使えなかった鬼神の仮面。3DS版ではつりぼりの中でもかぶれる。
- 巨人の仮面の入手場所が変化。
あきビン
あきビンの総数が1個増えて7個になる。
- コウメの射的ゲームの賞品がハートのかけらからあきビンに変化。
- ゴーマン座長の二日酔いを治すサブイベントのお礼としてあきビン追加。
- 最期の日の夜にイカーナ墓地の下でビッグポウを倒すと、ダンペイからもらえるお礼があきビンからハートのかけらに変化。
ハートのかけら
- コウメの射的ゲームの賞品がハートのかけらではなくなる。
- 最期の日の夜にイカーナ墓地の下でビッグポウを倒すと、ダンペイからもらえるお礼があきビンからハートのかけらに変化。
大妖精
ウッドフォールとスノーヘッドの大妖精が入れ替え。
これによりウッドフォールの神殿のはぐれ妖精を全員集めると MP が2倍化され、スノーヘッドの神殿のはぐれ妖精を全員集めると大回転斬りを習得できる。
はぐれ妖精のグラフィック、N64版では左右だけしか用意されていなかったが、3DS版では立体になっている。
その他
- オリジナル版では大翼の石像を剣で斬りつける必要があったが、3DS版では調べるだけでOK（剣不要）。
- 大翼の石像に出会いの証を立てた時に、目が青く光るようになっている。
- 大翼の石像のデザインが変更され台座部分に本が追加（オリジナルではト音記号だけ）。
- 大翼の歌の楽譜が刻まれた石碑の場所が移動（沼地の崖の上 → 沼地の入口）。
- 大翼の歌がストーリー上、必ず覚えるようになる。
- 大翼の歌でワープする際、演出をボタンでスキップ可能。
- 大翼の歌でワープ先を選ぶ際、N64版ではスティックの左右で行き先を選択していたが、3DS版ではステックの上下左右で選択できる。
（N64版では「クロックタウン→ミルクロード→ウッドフォール→沼地→イカーナ渓谷→ロックビル→グレートベイの海岸→ゾーラの岬→スノーヘッド→山里→クロックタウン」の順でループ）
- 大翼の歌で行けるワープ先の場所の位置関係が若干変化している。
- エリアの移動でマップのローディングが発生すると、画面右下にスタルキッド印のローディングアイコンが表示される。
- ガロのお面のデザインが変更（ガロからボス・ガロになる）。その他のお面にも少し変化あり。
- 下画面の左下に表示されるオカリナアイコンは、変身している姿に応じてラッパ（デクナッツリンク）、ボンゴ（ゴロンリンク）、ギター（ゾーラリンク）になる。
- 習得したメロディー欄に「時の逆さ歌」、「時のかさね歌」、「録音カカシの歌」も表示されるようになっている。
- 下画面のマップを拡大できる。
- オリジナル版ではなかった一部地域のマップが表示されるようになる（例：地下道、イカーナの墓場の墓の下、各ダンジョンのボス部屋、etc）。
- デクのプレイスポットとハニーとダーリンの店の賞品が50ルピーからつりぼり券に変更。ポストマンのイメージトレーニングでもつりぼり券が手に入る。
- デクナッツの城で裏庭から魔法のマメ屋のいる場所まで直接行けるようになっている。
- シロウ君が移動（イカーナへの道 → 海賊の砦）。
- 漢字にルビ（ふりがな）が振られている。
- セーブデータ作成時、プレイヤーのデフォルトネームが「リンク」。
- 銀行にルピーを預ける際、初期状態で所持ルピー全額になっている（オリジナルでは0ルピー）。
- 神殿出現時のムービー、2回目以降は省略される。
- 氷の矢で氷の足場を作れる場所がキラキラ光る水面に限定。
- ゴロンレース場、魔力回復のタイミングがカウント「3」の時に行われる（N64/GC/VC版ではムスコに出場を申し出て、会話終了時に回復）。
- はぐれ妖精を助けると、その位置がダンジョンマップに記録される。時の歌で時間を戻してもマップに見つけた場所が表示される。
- ウッドフォールの神殿とスノーヘッドの神殿のはぐれ妖精の居場所が一部変化。
- 一部のイベントの発生時間や店の営業時間が変化。
- オリジナル版では1日目に海のクモ館をクリアしないとサイフが大きくならなかったが、3DS版ではどの日でもよくなる。
- ミニゲームの景品としてルピーがもらえたものの大半は、つりぼり券に変更。
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