■ - 宝箱、● - はぐれ妖精（海1〜15）
消えている松明4本に火を点けると【はぐれ妖精 ①】 の入った宝箱が出現する。
巨大な水車が回る部屋 [1] では、ゾーラリンクになって水中にある栓（A）を反時計回りに回すと B から水が噴き出す。上下する足場を使って、上層部に上がり、吹き出す水を渡って反対側の足場に渡る。【はぐれ妖精 ② ③】
この部屋にはもう2つ栓があるが、現時点ではいじる必要はない。
[2] の部屋は水路で他の部屋と繋がっている。水流の関係上、今行けるのは赤と緑のパイプが伸びる水路と、赤のパイプが伸びる水路。まずは前者の赤と緑のパイプが伸びる水路（A）を進んで [3] の部屋に行く。【はぐれ妖精 ④ ⑤】
[3] の部屋では B の足場に上がり、そこから宝箱にフックショットを引っかけて移動し、中から「ダンジョンマップ」を入手する。【はぐれ妖精 ⑦】
その後、ゾーラリンクになって水中に入り、デキシーハンドのいる水路（C）を通り [4] の部屋に向かう。【はぐれ妖精 ⑧】
[4] の部屋のボムチュウがいる区画には「コンパス」の入った宝箱がある。
水底の宝箱の中から「小さなカギ」を通ったら水路を通って [2] の部屋に戻る。【はぐれ妖精 ⑨】
[2] の部屋から今度は赤のパイプが伸びている水路（A）を通って [5] の部屋に行く。
水面に浮上し、B 地点からパイプの上を歩いて鍵のかかった扉の前まで行き、鍵を開けて次の部屋に入る。グリーンチュチュとイエローチュチュのいる部屋のツボを割って矢束などを補充したら、中ボスの部屋に入る。
中ボスの部屋で天井を見上げると、「ワート」が襲ってくる。倒すと「氷の矢」の入った宝箱が出現する。中身を取ったら [5] の部屋に戻る。
[5] の部屋の C の足場に上がり、目の前にいるオクタロックを氷の矢で凍らす。凍ったオクタロックを足場にして栓に上がり、栓を反時計回りにひねって赤パイプに水を供給したら [2] に戻る。
ワートの倒し方：
81個の泡に守られた巨大な目玉のモンスター。瞳孔を矢で射抜けばダメージを与えられる。
まずは泡を本体から分離させる必要がある。バクダン/炎の矢/デクの実/ゾーラブーメランでボスを攻撃すると一度にたくさんの泡をはがせる。剣/フックショット/弓だと1個ずつはがせる。本体から分離した泡は飛び跳ねて邪魔なので、その都度剣などで割っていく。
ワート本体にある程度ダメージを与えると、全ての泡がはがれ落ち、今度はワートが床の上を滑るように突進してくるようになる。安全な部屋の隅に陣取り、そこからZ注目で開いた目玉を矢で射ればよい。
▶解説動画も用意しています → 「vs ワート」
[2] の水中の緑と赤のパイプが伸びる水路（A）を通って [3] へ行く。宝箱の置かれた足場から氷の矢を水面に向けて放ち、氷の足場を渡って B へ行く。
3DS 水面がキラキラ光っている場所にのみ、氷の矢で氷の足場を作ることができる。
[6] の部屋に入り、奥にある赤い栓を開けて赤いパイプに水を供給する。栓は高くて背が届かないので、この部屋にいるブルーチュチュを氷の矢で凍らせてそれを足場にすればよい。
[3] に戻り水路を通って [4] へ行く。ここでも先ほどと同様氷の足場を作って水面を渡り、C 地点へ。通路を遮っている氷を炎の矢で溶かして [7] の部屋に入る。
[7] の部屋では中ボス「ゲッコー」がいる。倒せば「ボス部屋の鍵」が入った宝箱が置かれている小部屋に行ける。柵を乗り越えて小部屋から出たら、水路を通って [2] に戻る。
[2] の部屋の D 地点では上から水が流れ落ちている。この水を氷の矢で凍らすことで水の流れが止まり、ハシゴを上って [8] に行ける。
[8] の部屋に入ったら E の足場にあるタルにフックショットを引っかけてそこまで移動する。そこから水面に氷の矢を射って、緑の栓まで氷の足場を作って渡る。栓を時計回りに回し、緑のパイプに水を供給したら、[2] の部屋を経由して [1] に戻る。【はぐれ妖精 ⑥】
ゲッコーの倒し方：
飛び跳ねるスライムにあたらないようにゲッコーを剣や矢で攻撃する。するとスライム（マッドゼリー）と共に天井に飛び上がるので、ゲッコーを包み込んだスライムを氷の矢で射れば、凍ったスライムが落ちてくる。これを何回か繰り返せば倒せる。
もし凍らせることに失敗すると、天井から落ちてきた巨大なスライムにリンクが呑み込まれ、スライムの中でゲッコーにボコボコにされてしまう。
▶解説動画も用意しています → 「vs ゲッコー（ノーダメージ）」
ゲッコー戦スキップ（N64版・3DS版どちらでも可能）：
方法1 - [4] の部屋で宝箱の方向を向き反対側に爆弾を設置してすかさずゾーラに変身。爆風で大ジャンプをすると本来帰る用の柵にぶら下がることができ、「ボス部屋の鍵」の入った宝箱の所まで行ける。
方法2 - [4] の部屋で本来帰る用の柵の前に氷の矢で足場を作り、そこから柵に向かってゾーラリンクでジャンプすれば柵にぶら下がれる。ポイントは、ジャンプするときにAボタンを押さないこと。ゾーラリンクは足場から水場に向かってジャンプするとき、足場を離れる瞬間にAボタンを押していると水に飛び込む動作を行い、柵などに掴まれなくなる。飛距離を稼ぐために足場でAボタンでアタックをしても構わないが、足場のフチではAボタンは離すようにしておく必要あり。
[1] の部屋では A から水が噴き出している。その真上のフックショットの的を使って、噴き出している水の上に乗り、そこから赤い栓（B）に渡る。栓を90度回転させることで、水車の下にある赤の噴水から水が出始め、水車の動きが止まる。
次に黄色の栓（C)を90度回転させ、黄色の噴水を止める。これにより水車が逆回転しだす。
[2] の部屋に戻る。水車の回転方向の変更に伴い、プロペラも逆回転している。これで水流が変わり、赤と緑のパイプが伸びる水路（D）から [9] の部屋に行けるようになる。
[9] の部屋では天井から流れ落ちる水の力で水車が回っている。氷の矢で水を凍らせることで、水車の回転を止めることができ、同軸にある2枚羽根のプロペラも停止する。【はぐれ妖精 ⑩ ⑪】
[10] の部屋に行くためには、上下に移動する足場（A）に乗り、天井から流れ落ちる水を氷の矢で凍らせる。この時、2枚羽根のプロペラが水平になるようにしなければいけない。
水を凍らせるタイミングは左図を参照。凍らせてから完全に停止するまでのタイムラグがあるので、A の足場から見て (a) の角度くらいで水を止めると、プロペラがほぼ水平で止まる（b)。
もし失敗した場合は、凍った水を炎の矢で溶かして、再挑戦すればよい。魔力は矢は水底に置いてあるツボを壊すことで補充できる。
3DS 水を凍らすと水車の羽根は必ず水平で止まるようになっているため、タイミングに気を使う必要はない。
プロペラを適切な位置で止めることができたら、A の足場から水車の軸に飛び乗り、まっすぐプロペラへ。そこから [10] の部屋への通路に飛び移れる。
3つのシーソーが設置してある [10] の部屋では、各シーソーの一方の端の真上に凍った排水溝がある。炎の矢でその氷を溶かすことで、シーソーの下がっている方を上げられる。【はぐれ妖精 ⑫ ⑬】
この仕組みを活用して、B → C → 緑の栓へと渡り、栓をひねって緑のパイプに水を供給する。それが済んだら D のシーソーから出口へ行けるので、[3] を経由して [2] に戻る。
[2] の部屋から緑のパイプが伸びた水路（A）を通って [11] の部屋に行く。【はぐれ妖精 ⑭ ⑮】
緑のパイプの上を歩いて栓（B）へ行き、それをひねることで目の前の噴水に水を供給する。吹き出す水を足場にして扉の所まで行き、ボス部屋のカギを使って扉を開ける。
次の部屋の中央に大きな穴が開いているので、ボス部屋に降りてこられ、「巨大仮面魚グヨーグ」と戦闘になる。
ボスを倒すと「ハートの器」を手に入れられる。
「グヨーグの亡骸」を入手後、謎の空間に飛ばされ3人目の巨人の魂が解放される。
グレートベイの神殿には、はぐれ妖精が全部で15人いる。
はぐれ妖精を全員集めるには、大妖精のお面が必須。
15人全員集めてゾーラのみさきにある妖精の泉に行くと防御力が2倍に増える。
① 〜 ⑮ は 3DS 版シーカーストーンのヒントにある「海1〜15」の表記に準拠。
はぐれ妖精の居場所は 3DS版とN64/GC/VC版ですべて同じ。
リンクを丸飲みできるほどの巨体をほこる魚型のボスモンスター。
相手にあわせることはないわ！
足場から落ちないように 気をつけながら 狙いうつのよ！
第一段階では足場の中央に陣取り、そこからボスを弓で射る。何発か当てるとボスが怯み、口の中から弱点の目玉を露出して水面に浮かび上がるので、さらに矢で追撃すればダメージを与えられる。
ちょっと 凶暴になったわね…
落ちついて 敵の動きをよく見る！
突き落とされないよう 気をつけて！
ダメージが蓄積すると、時々、ボスが足場に上がるようになる。数秒後に足場を横断する形で突進してくるので、突進される前に横に避難すれば攻撃をかわせる。
うかつに近付いたら 吸いこまれるわ！
…ねえ 周りを見てみなさいよ。
アレ うまく使えないかしら…
第二段階になると足場が水没し、水中戦に移行する。ここからはゾーラリンクで戦う。
ボスは口を大きく開けて勢いよくリンクを吸い込もうとしてくる。吸い込まれてしまうとリンクが吐き出されるまで何度か噛まれてダメージを受ける。水中には機雷が点在していて、機雷と水底を結ぶ白い球に衝撃を当てると、機雷が鎖から外れる。ボスの吸い込み攻撃時、うまく機雷を鎖から外すことができれば、ボスが機雷を吸い込んで体内で爆発する。すると弱点が露出するので、弱点を攻撃すればダメージを与えられる。
ボスは小魚をたくさん吐き出してくる。リンクの周囲をちょこまかと動き回るので鬱陶しいが、倒せば回復のハートを落とすことがあるので、回復に役立つ。
今 近づいたって食われるだけよ
水面から 襲って来るアイツを
遠くから狙って まずは弱らせる
ボス戦が始まったらボス部屋中央の陸地で盾をかまえてグヨーグの攻撃に備える。
ボスはリンクのいる足場に突進し、その衝撃でリンクを水の中に吹っ飛ばそうとしてくる。足場の中央付近にいれば、吹っ飛ばされても水に落ちることはない。
足場の端から水中をのぞき込むようにして、もしくは注目して弓矢でボスを攻撃する。矢が当たればグヨーグは短時間失神する。
またボスが足場に突進せずに水中から飛び出してリンクの頭上を飛び越していった場合は、グヨーグが飛んで行った方に素早く行けば、グヨーグを弓矢で攻撃できる。
今よ 何やってるの！
早く 潜って ヤツに一撃
くらわすのよ！ 早く！
グヨーグが失神したらゾーラリンクに変身する。すかさず水中に潜り、ボスに連続パンチをあびせるか、真横でバリアをはればダメージを与えられる。
ボスが気絶から回復したら素早く陸に上がり、人間の姿に戻る。
「矢で攻撃し気絶させ、その間に水中でダメージを与える」を繰り返せばよい。
ある程度ダメージを与え続けていると、ボスが口の中から稚魚を吐き出す。数は大したことないが、ゾーラリンクで水中を行動中の邪魔になる。特に陸地に上がるのを邪魔されないよう注意したい。
▶解説動画も用意しています → 「vs 巨大仮面魚グヨーグ（ノーダメージ）」
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