ゼルダの伝説トライフォース3銃士＞水源エリア：かえらずの淵

まずは水の中に入り、水流の速い場所にある小島に上陸しアイテムを取る。
水の中には機雷が設置してあり、触れると爆発してダメージを受けるので注意。
ウォーターロッドを使うと目の前に水柱を作れ、それを足場にして高台に上がれる。また水柱で敵を怯ませることもできる。水の上に水柱を作るとそれを足場にして水を渡れる。
水路の東側にあるクリスタルスイッチを矢を射って作動させると門が開く。2人トーテムで門の裏にあるクリスタルスイッチを開くと水門の閂が1つ外れる。
水路の西側にあるクリスタルスイッチを作動させると門が開く。門の裏にあるクリスタルスイッチ前まで水柱で行き、勇者を投げてクリスタルスイッチの所に行き、それを作動させると水門の閂が1つ外れる。
水柱で足場を作って水門の裏にあるトライフォースの所まで行く。

水柱を発生させ水車を回すと近くの床が動く（水車の右側＝床が左に移動、水車の左側＝床が右に移動）。
床が動いている途中にあるクリスタルスイッチを矢で射ると、2つ目の水車の近くの丸太扉が開く。
ウォーターロッドを持った2人目の勇者を2つ目の水車の所に行かせたら、水車を回して床を最初の位置まで戻す。そして1人目のウォーターロッドの勇者を回収したら、水車を回転させて床を一番左まで動かす。途中にあるクリスタルスイッチを矢でで射ると、2つ目の水車の上の丸太扉が開く。
勇者3人を山のてっぺんの水車まで向かわせる。水車を回して回転床を動かし、3人の勇者を反対側まで移動させる。

中ボス「巨大バズブロブ」を倒すとトライフォース解放。

ダメージを当てて次の段階に移行する際、中ボスは水の中に潜ってしまい姿を現さない。ウォーターロッドで水柱を発生させて中ボスを水の中から浮かび上がらせる必要がある。

中ボスのビーム攻撃はビーム自体にダメージ判定はあるのは当然だが、水全体も電気を帯びている。水辺にいると感電するので必ず陸地に上がるように。

隠しルピー：
トライフォース裏に柵がありますが、実はこの柵は乗り越えることができます。
乗り越えると、僅かですがルピーが配置されており、そのまま流されて足場の下から出てきます。

「とくべつ任務」の場合はコースの仕掛けは変わらないが、クリア条件が追加されている。また出現する敵も一部違っていることもある。

敵を倒しにくく、1度のダメージでハート2個失うという不利な状況でゴールできればクリア。

宝玉から半径約8キャラ分がノーダメージで活動できるエリアになっていて、そこから出ると一定時間毎にハート1個分のダメージを喰らう。
コースのどこかにある台座に宝玉をはめるとトライフォースが出現・解放し次のステージに進むことができる（一度、宝玉をはめると動かせなくなる）。

制限時間4分からスタートし、ゼロになる前にゴールできればクリア。