グラフィックの向上

  • フルHD解像度で描画。
  • キャラクター・背景・メニューなどのテクスチャも高精細化。

amiibo 対応

以下の6種類の amiibo に対応。

ウルフリンク
ミニダンジョン「獣の試練」に挑戦可能。
獣の試練内でハートを回復（1回の挑戦で1度だけ）。
旅の記録の番号を保存でき、タイトル画面で amiibo のワンタッチで冒険を再開できる。
リンク / トゥーンリンク
矢が満タンになる（1日1回限定）。
ゼルダ / シーク
ハートが満タンになる（1日1回限定）。
ガノンドロフ
受けるダメージが2倍になる（効果発揮時はハートが青くなる）。

新アイテム

  • 「底なしのサイフ」 - 最大9,999ルピーが入るサイフ。試練の洞窟クリアで入手。
  • 「ゴーストのカンテラ」 - ポウフィーの居場所が昼でも分かる。また各地域にいるポウフィーの数も知らせてくれる。ジョバンニにゴーストの魂20個を渡すことでもらえる。

操作関連

GamePad

  • 弓矢や疾風のブーメラン、クローショットなどはジャイロセンサーを使って狙える。
  • 手元にダンジョンマップを常に表示させておける。
  • アイテムの持ち替えを画面タッチで行える。
  • Rスティックを使ったカメラアングル操作。
  • GamePad だけでのゲームプレイにも対応。

その他

  • 乗馬や泳ぎの基本アクションの操作性を改善。
  • Wii U Pro コントローラーにも対応。

その他

左利きリンク

Wii 版では右利きリンクだったが、WiiU 版では GC 版と同じ左利きになった。
これによって世界の左右の向きも GC 版に準拠したものになる。

辛口モード

  • 敵から受けるダメージが2倍になる（amiibo「ガノンドロフ」と併用することでダメージ4倍化も可能）。
  • 回復ハートが出ない。
  • 反転世界になる（＝ Wii 版と同じ）。
  • ゲームスタート時のみ選択可能。途中で変更は不可。

ハンコ

Miiverse で使える50種類のハンコが宝箱から手に入る。

変更点

  • 同じサイフでも Wii/GC 版に比べて、WiiU 版の方が多くのルピーが入る。
  • 各地方のトワイライトを解放するために必要な光の雫が16個から12個に減少。
  • ルピーが入った宝箱を開けた場合、サイフが満タンでもルピーを宝箱に戻さない。
  • ロードするたび、ルピー入手時にルピーの説明が出ていたが、それが省かれた。
  • ミドナと話さなくても人間⇔獣の変身が可能になる（GamePad の画面右上に専用ボタン表示）。
  • ハシゴの上り下りの高速化。
  • 溶岩に落ちた時のダメージがハート2個から1/2個に減少。
  • セリフなど分かりにくかった部分を変更。
  • ハイリア湖で魚が釣れるようになった（精霊の泉を出てすぐの所や川下りのゴール地点付近）。
  • ゲルド砂漠で陽炎のエフェクト削除。