細かな変更点

  • ステージをクリアしたキャラによって旗の色が変化する（ディンキー＝青、ディクシー＝ピンク）。
  • ステージやボーナスステージの音楽の変更。
  • コインを倒すと DK コインが自動的に手に入る。
  • リンクリーのほらあなの場所が全体マップの所だけになり、セーブの仕方の説明とバナナバードを預かる役割になる。
  • ファンキーコングはボート小屋にいてボートのレンタルとミニゲームができる。
  • スワンキーコングの所ではミニゲーム「スワンキーのダッシュ」が遊べる。
  • バチュラーというクマの追加によって島のクマが増えた（SFC＝13匹、GBA14＝匹）。
  • 「みんなやっつけろ」で敵の数が表示される。
  • DK コインの数が増加（SFC＝41枚、GBA＝46枚）。
  • バナナバードの数が増加（SFC＝15羽、GBA＝20羽）。
  • ボーナスコインの数が増加（SFC＝85枚、GBA＝98枚）。
  • クランキーコングのミニゲーム「クランキーのどうじょう」の場所は、SFC 版でリンクリーのほらあなだった場所に移動。
  • バザーの雑貨店の見た目などが変化。
  • SFC 版ではセーブされなかった残り人数が、GBA 版ではセーブされるようになる。
  • 健康と安全のためにの文章「続けるには何かボタンを押してください」と表示されてボタンを押すと潜水艦が登場し、メーカーロゴをけずって移動する。浮かび上がると「PRESS START」と表示される。
  • 緑のバズを倒した時の音が壁に鋼鉄製バレルがあたった時の音と同じ。
  • クレムウッドの森でタルのシールドとジャンピングスパイダー の場所が入れ替わっている。
  • ステージに入って画面が出るのに少し時間がかかるようになっている。
  • コングがやられた時の声の変更。
  • SFC 版では横一列だったアイテム欄が、GBA版では左右に5個ずつに分かれている。
  • 水中にいるココ（魚）の色と動きが SFC 版の逆になっている。
  • 「ブラッシュの小屋」が「ブラッシュのスタジアム」に変更。