ストーリー
自称天才からくり発明家「伊賀の物知りじいさん」がタイムマシンを発明した。じいさんは「からくり忍者サスケ」に屋敷の留守番を任せ、新発明「からくりウォーカー」に乗り、大江戸はぐれ町へ向かった。
じいさんは無事、はぐれ町につき、さっそくゴエモンの家でタイムマシンの実験を開始したのだった。じいさんは「まず手始めに未来のギャルの様子を見に行くぞい」と言い残し、ゴエモン達の目の前から、えもいわれぬ音をたて消えてしまった。
じいさん「うひょー成功じゃ、みんな見とるかーっ?」
じいさん「おおっ、ギャルじゃ!未来のギャルじゃ!」ゴエモン達にモニターの中で狂喜乱舞するじいさんが映っているのが見えた。
ゴエモン「…ったく、じいさんのスケベぶりにも困ったもんだ…」
エビス丸「んぐっ…ほんまでんなぁ。そやかて、わてみたいなモテ過ぎも困りまっけどなぁ」その時、おみっちゃんが叫んだ。
おみっちゃん「キャー、スケベじじ…いや…おじいさんが!」モニターの中でおじいさんが何者かに捕まり、もがいている。
じいさん「うぉーつ、なんじゃおまえらは? エ、エビス丸?… おまえらはいったい????」その時、モニターからエビス丸そっくりの謎の人物が話しかけてきた。
謎の人物「おーほほほほっ、あたしの名は シスター ビスマル ザンス! このじいさんはあたしがちょーだいするザンス!」
謎の人物「これが夢の…タイムマシンザンスか! すごいザンスーッ! 思わぬ収穫ができたザンス。これで重禄兵衛様も大喜びに違いないザンスよーっ!」エビス丸にそっくりの奴は、そういうとさっさとその場を立ち去ろうとした。
じいさん「ゴ、ゴエモンよ! 伊賀へ…サスケのもとへゆくのじゃ…」じいさんはそう言い残し、怪しい連中に連れ去られていってしまった…。
ゴエモン「待ってろ、じいさん! おいらが必ずたすけだしてやるぜ。 いくぜっエビス丸。 おみっちゃん留守はたのんだぜ!」
ゴエモンは言うか言わないうちに玄関を飛び出していった。エビス丸「うぬぬぬぬ!この正義の忍者エビス丸を本格的に怒らせるとは、あのビスマルという、ぶさいくな奴もあなどれまへんなぁ…。」
エビス丸「ん? ゴエモンはん、まってーなー! ほに!」
エビス丸はあわてて、ゴエモンの後を追いかけていった。おみっちゃん「やれやれ…ゴエちゃんもエビちゃんもどうやって未来にいくつもりなのかしら… まっ、考えてもしかたないし…。おみやげでも楽しみに、待っていよっと!」
はてさて、伊賀のものしりじいさんの運命はいかに…。
未来で現れたシスタービスマル、重禄兵衛とは何者か?
ゴエモン、エビス丸はこの一大事を無事解決できるであろうか?いよっ待ってましたの『がんばれゴエモン3 獅子重禄兵衛のからくり卍固め』のはじまり、はじまり~っ。