メトロイドゼロミッション 攻略TOPストーリー（メトロイド ゼロミッション）
コスモ歴2003年、銀河系では各惑星の代表者からなる「銀河連邦」が設立された。異文化間の交流が盛んに行われ、多くの星間連絡船が行き来する繁栄の時代を迎えていた。
しかしその一方で、連絡船を襲うスペースパイレーツ(宇宙海賊)の登場が、銀河の平和を脅かし始めていた。銀河連邦軍および連邦警察が、その制圧にあたっていたが、神出鬼没かつ凶暴なスペースパイレーツを、この広大な宇宙において確実に取り締まることは、事実上不可能であった。そこで連邦当局は、腕利きのバウンティーハンター（賞金稼ぎ）を雇い、スペースパイレーツと戦わせたのだ。
コスモ歴20X5年、深刻な事件が起きた。
「惑星SR388」で捕獲された、未知の生命体を搬送中の銀河連邦の調査船が、スペースパイレーツに襲われたのだ。
彼らの目的は、生命体の略奪だった。
「メトロイド」という名を持つ、その浮遊生命体は、他の生物に取り付き、生態エネルギーを吸い尽くすという危険な生物であった。しかも、β線の照射により爆発的に増殖させることが可能だという。銀河の謎とされている惑星SR388の滅亡に、この「メトロイド」が起因したであろうという推測は、ほぼ確実視されていた。
「メトロイド」がスペースパイレーツの手によって増殖され、生物兵器として使われるようなことになれば、銀河文明壊滅の危機は避けがたい。連邦警察は必死の捜索の末、スペースパイレーツの本拠地「要塞惑星ゼーベス」を発見、銀河連邦軍が総攻撃を行ったが、スペースパイレーツの激しい抵抗にあい、攻め落とすことはできなかった。地下要塞の中心部では、メトロイドを増殖させる準備が着々と進められているらしい。
連邦当局は最後の手段として、一人のバウンティーハンターをゼーベスの内部に侵入させ、要塞を集中管理している機械生命体「マザーブレイン」を破壊する作戦を決定した。
選ばれた宇宙戦士の名は「サムス・アラン」。
銀河最強のバウンティーハンターと呼ばれ、不可能と思われる数多くの事件を解決してきた人物ではあるが、その正体は、まったく謎に包まれていた。単身ゼーベスへの潜入に成功したサムス・アラン。
実はこの惑星ゼーベスは、幼き日のサムスが育った場所であった。様々な想いを秘めて、任務を遂行するサムスを待ちうける、マザーブレインの罠。
サムスは無事任務を全うし銀河の秩序と平和を守ることができるのだろうか？