ストーリー
コスモ歴2000年代、銀河では惑星間の交流が盛んに行われ、かつてない繁栄の時代を迎えていた。
多くの惑星から代表者を集め、「銀河連邦」を設立し、銀河の平和につとめていた。
しかし、銀河にはまだ多くの未知の惑星が残されており、様々な事件も起きていた。そのひとつに宇宙戦士 サムス アランの活躍により解決された重大な事件があった。
20X5年-----
銀河連邦の調査船により惑星 SR388 で未知の生物が発見された。
それを採取した調査船は急遽、銀河連邦へ帰還の途についた。そのとき… 宇宙海賊の奇襲にあいその生物が奪われてしまったのだ。彼らはその生物を使い、銀河を征服しようと企てた。その生物の名を「メトロイド」という。「メトロイド」とは一種の浮遊生命体であり、β線を照射するだけで増殖し、他の生物にとり付いてそのエネルギーを全て吸いつくす能力を持った、非常に危険な生物である。
サムスは銀河連邦の依頼により、宇宙海賊の要塞惑星ゼーベスに単身乗り込んだ。苦闘の末メトロイドを倒したサムスは、さらに要塞の中心であるマザーブレインをも破壊、その野望を打ち砕いたのだ。
この事件を重く見た銀河連邦は、再び調査船を SR388 へ向かわせた。前回の調査で発見されていないメトロイドが存在しているかもしれないからだ。
そして数日後、緊急連絡が入った。
なんと SR388 の地底を調べに向かった調査隊が失踪したというのだ。さらに救助に向かった舞台までもが……
銀河連邦は、直ちに連邦警察の武装兵士からなる特殊部隊を SR388 へ派遣し、地底に送り込んだ。しかし彼らもまた、わずかな資料を送ってきただけで消息を絶ってしまった。
銀河連邦は数少ない調査データを調べて行くうちに、ついにメトロイドの存在を確認した。メトロイドは SR388 の地下深くに潜んで、活動を続けているというのである。
この噂は、またたくまに広がり、再びメトロイドの恐怖が銀河連邦全体をつつみ込んだ。
銀河連邦は緊急最高会議を開き、結論を急いだ。
出席した全員の考えはひとつ……。それは、サムス アラン によるメトロイド絶滅指令だった。
SR388 の地下世界は、ドーム状の空間が何層にも複雑に重なり合った構造をしており、いくつかは地上にもつながっていた。それは、かつて栄えた文明の遺跡のようでもあった。またそこには SR388 に生息するあらゆる生物がすみついていたのだ。
サムスは銀河連邦からの指令を受け、惑星 SR388 へと向かった。
サムスとメトロイドの対決が、再び始まろうとしている。
銀河がメトロイドの恐怖からのがれるために……。