ストーリー

Dr.ワイリーはロックマンワールド1でロックマンに敗れた。
ズタボロになりながらも次の作戦を考えた彼は、あるアイデアを思いついた。時空研究所で研究しているタイムマシンを盗んで、過去を変えてしまおうと考えたのだ。そう!Dr.ワイリーが騒動を起こす以前、ロックマンがまだ家庭用ロボットだった頃に戻り、最強のロボット軍団で襲いかかれば、必ずや倒せるに違いないと考えたのだ。

数か月後、Dr.ワイリーは時空研究所からタイムマシンを奪うことに成功した。ただちに時間を超える旅に出ようとしたが、直前に危険を感じ緊急止した。タイムマシンに欠陥があることを発見したのだった。

その頃、時空研究所の調査を依頼されていたDr.ライトは、助手として連れていたラッシュのスーパー臭覚によってDr.ワイリーの仕業であることを突き止めた。嫌な予感を感じた彼は、すぐにロックマンを呼びラッシュと共にDr.ワイリーを捜し出すよう指示するのだった。

Dr.ワイリーはついにタイムマシンの改造に成功した。しかし、タイムマシンは未来の行き来しかできなかった。そこでDr.ワイリーは未来のロックマンを調べた。未来のロックマンは平和な家庭用ロボットに戻されていた。そこで、Dr.ワイリーは未来の自分と結託し、戦闘機能のないロックマンを連れ戻し、改造を加え現代のロックマンにぶつけることにした。そのころ、ようやくワイリー基地を発見したロックマンとラッシュは、強敵ロボットをなぎ倒し、先に進むのだった。しかし、よもや未来の自分と闘うことになろうとは、そのときのロックマンは、まだ知る由もなかった……。

【取扱説明書 P.1 より抜粋】