SFC版とDS版の相違点

前の階層に戻れる

各階層の出口にたどり着いた時に進むか戻るかを選択。食料に余裕はあるけど戦闘がキツイ、という時にアイテムの類は落ちていないので注意。宿場〜山頂を往復し、合成の壷などで強化することも可能に。
ただし奇岩谷（14〜15階の間の休憩所）以後は戻れない。

番付が少ない

各ダンジョンで保存される番付が3位までに変更。
その代わりか Wi-Fi コネクションで他人の記録を見たり自分の記録を登録したりできる。

チュートリアルダンジョン追加

本編開始前に『宿場への道』が追加。これはテーブルマウンテン攻略前の準備運動的な内容。
他にも3つのダンジョンが追加されている。

出動！風来救助隊

ダンジョン途中で倒れた場合、他のプレイヤーに救助してもらう事により同地点から再開できる。また Wi-Fi コネクションやワイヤレス通信だと道具を貰うことも可能。
ただし一回の攻略で3回まで。また街中で倒れた場合は不可。

フェイの問題の差し替え

一部の問題が差し替えになっている。また、50問の中から好きな問題を選択するシステム（GB版「1」と同じ）に変更
全攻略で「白紙の巻物」を3つ入手。

木甲の盾

何故か錆びる。

冒険の足跡

これまでのプレイ履歴が見られる。

タイムアタック

テーブルマウンテン踏破後、「タイムアタック」モードが選択可能になる。宿場の倉庫から1つだけアイテムを選択し、テーブルマウンテンを攻略。