| ボタン | 説明 |
|---|---|
| 十字・左右 | 移動 |
| 十字・下 | しゃがむ ヒップドロップ（ジャンプ中） タマゴを産む（口の中に敵が入っている時） タマゴを投げるのをやめる（ターゲットカーソル表示中） |
| 十字・上 | 上を向く 扉に入る |
| A | ターゲットカーソルを出す（1回目） カーソルの方向にタマゴを投げる（2回目） |
| B | ジャンプ ふんばりジャンプ（ジャンプ中） |
| Y | 敵を食べる |
| L/R | ターゲットカーソルを止める |
| START | ポーズ（スコアボード表示） |
| SELECT | ポーズ中に押すとマップに戻る（すでにクリア済みのコースに限る） |
| ボタン | 説明 |
|---|---|
| 十字・左右 | 移動 |
| 十字・下 | しゃがむ ヒップドロップ（ジャンプ中） タマゴを産む（口の中に敵が入っている時） |
| 十字・上 | 上を向く 扉に入る |
| R | ターゲットカーソルを出す（1回目） カーソルの方向にタマゴを投げる（2回目） |
| A | ジャンプ ふんばりジャンプ（ジャンプ中） |
| B / X | 敵を食べる |
| START | ポーズ / スリープ / マップに戻る（すでにクリア済みのコースに限る） |
| SELECT | スコアボード表示 |
| アイテム名 | 得点 | |
|---|---|---|
 | スペシャルフラワー | 1個10点、各ステージに5個。 |
 | 赤コイン | 1枚1点、各ステージに20枚。 大半の赤コインは黄色コインの中に隠されている。 |
| ★ | スター | 1個1点、最高30個まで集まる。 スターのカウントがゼロになると、ベビーマリオがカメックに連れ去られてミスとなる。 |
スターは「スターのお守り」を1個取る毎に1個増える。
またステージの途中にあるリング（ミスしてもその近くから再開できる）をくぐると10個増える。
ヨッシーが敵などに触れるとベビーマリオがヨッシーから離れてしまう。離れている間はスターが1個ずつ減る。
もしスターのカウントが10以下の場合は、ヨッシーと共にいる場合に少しずつ回復し10まで戻る。
スペシャルフラワー5個（50点）、赤コイン20枚（20点）、スター30個（30点）取って、ステージをクリアするとパーフェクトクリアとなる。
8つのステージで1つのワールドが構成されているが、全ステージで100点満点パーフェクトクリアを達成すると、そのワールドの「スペシャルステージ」と「ボーナスチャレンジ」がアンロックされる。
GBA 版ではゲームクリア後、各ワールドの「ひみつのステージ」が出現する。
| コース名 | コース名 | |||
|---|---|---|---|---|
| 1 | 1 | タマゴをつくって なげろ | 5 | ちくわゆか アスレチック |
| 2 | きょだいワンワンちゅうい | 6 | たけうまにのったヘイホー | |
| 3 | プチパックンのどうくつ | 7 | さわるとふらふらワタボー | |
| 4 | ビッグドンブリの とりで | 8 | ビッグスライムの おしろ | |
| S | このバカイヌと いわないで | B | カードめくり | |
| 2 | 1 | ノコノコとパタパタがいた | 5 | ジュゲムにきをつけろ |
| 2 | ミットさんと バットくん | 6 | なぞときめいろ どうくつ | |
| 3 | つむじくんって どんなあじ？ | 7 | かべあなから ジュゲム | |
| 4 | びっくりテレサの とりで | 8 | おせおせ！ つぼおばけ | |
| S | いそげ！！ドキドキスイッチ | B | スクラッチ | |
| 3 | 1 | ようこそモンキーワールド | 5 | ジャングルのアスレチック |
| 2 | ようきなヤリヤリダンサー | 6 | ハリネズミの どうくつ | |
| 3 | ウンババのすむジャングル | 7 | おさるのすきな みずうみ | |
| 4 | ゲロゲーロのすむ とりで | 8 | ビッグパックンの どかん | |
| S | もうやめて！おさるさ〜ん！ | B | くじびき | |
| 4 | 1 | マリオでGO!GO! | 5 | もってけ ワンワンいわ |
| 2 | かべあなジュゲムの ちか | 6 | プクプクがいる みずべ | |
| 3 | カウントゆかアスレチック | 7 | せんリフトでアスレチック | |
| 4 | ビッグプチプチの とりで | 8 | ビッグノコノコの おしろ | |
| S | だっしゅつふかのう？めいろ | B | カードあわせ | |
| 5 | 1 | ゆきの かみなりジュゲム | 5 | あほーどりでアスレチック |
| 2 | スキーリフトで GO! | 6 | おそらの くものうえで | |
| 3 | つるつる こおりのせかい | 7 | せんリフトと おちるゆか | |
| 4 | ビッグけめくじの とりで | 8 | ビッグキューちゃんのしろ | |
| S | カメックの ふくしゅう！ | B | ルーレット | |
| 6 | 1 | きょうふの ほねあほーどり | 5 | すご〜くなが〜い どうくつ |
| 2 | ボロドーだらけの どうくつ | 6 | こわいこわい ちかのめいろ | |
| 3 | かいてんまるたアスレチック | 7 | すごくハードなアスレチック | |
| 4 | ビッグカチカチの とりで | 8 | いよいよ クッパじょうだ | |
| S | おしろ けっさくしゅう？ | B | スロット | |
ワールド内で PERFECT（コース1〜8すべてで100点満点）を達成すると、スペシャルコース（S）とボーナスチャレンジ（B）が遊べるようになる。
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