フィギュアコンプリート前、その時点で入手できるフィギュアを全部集めると確率が「1個0%」になります。この状態でくじびきをすると、取れるはずのないフィギュアが取れてしまう事があります。
未所持フィギュアが当たった時のようにファンファーレがなりますが、所持済みの時のように５ルピーで買い取られます。しかし棚を確認すると、ちゃんと追加されています。
例：セラの滝に行く前なのに「ダイゴロン」のフィギュアが入手できた。
この後、フィギュアをコンプリートしても、コンプの証「ニテンどうゴールドメダル」が貰えません（ただし、カフェの前の人はコンプしていると認識しているらしく、ハートのかけらを取る事は可能）。
通常はフィギュアをコンプするとくじびきが出来なくなりますが、ニテン堂店主はコンプしていないと思っているらしく、いつまでもくじびきができてしまいます。
「ニテンどうゴールドメダル」が入手できないだけで、致命的なバグではありません。
念のため「1個0%」の時はくじびきをしない方がよいでしょう。
くじびきをしてレバーを引っ張った時にゲームが止まり操作不能となる事があります。
プログラムが止まる為、ソフト側で設定しているリセット（A・B・スタート・セレクト同時押し）も不能となります。この状態になってしまったら、本体の電源をOFFするしかありません。
「水かき」を入手してから「しずくの神殿」をクリアするまでの間は、ハイラルの町にニースが2人存在します。
1人は井戸端会議中、そしてもう1人はネコロンの家の中にいます。「しずくの神殿」をクリアすると井戸端のニースはいなくなります。
同一人物が2人いるだけで、ゲームの進行を左右するわけではありません。
風のとりでのボスと戦闘中、手に捕まる攻撃の際、リンクが手に捕まれたまま行動不能になるバグに陥りました。
捕まってもがいているポーズのまま手が動き出してしまい、リンクの首だけが取り残されるという状態です。
ラスボス戦直前のタートナック3体戦後、先に進まずにその部屋でセレクトを押しエゼロの会話を表示していると画面がフリーズします。
1つ目の鐘は、キータンの部屋に入ると鳴り、2つ目はタートナックの部屋に入ると鳴ります。
通常は戦闘終了後（1〜2分で終了する為）すぐに次の部屋に行けば、3つ目の鐘が鳴る事はありません。何らかの理由でタートナックの部屋にそのままいると、2つ目の鐘から約3分後に3つ目の鐘が鳴ってしまい（儀式が終了する為）ゲームオーバーになってしまうようです。
戦闘中や、戦闘後にその部屋でホケッとしている時に、3つ目の鐘が鳴った場合は問題なくゲームオーバーになるようですが、画面にセレクトでのエゼロの会話が表示されている時に3つ目の鐘の時間になってしまうと、正常なゲームオーバー画面にならずにフリーズするようです。
ラスボスの第三形態と戦ってたのですが、フィールド右下の端っこに出てきた腕の中に入り、赤目のモンスターを潰して時間経過で外に出された後、フィールド外に永遠に落ち続ける状態になりました。
ボタンは一切効かず、ライフがなくなっても落ち続けます。
「落ちる→戻る位置（腕の出入り口）も崖→落ちる→…」ということだと思います。
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