時のオカリナ 攻略TOP森の神殿クリア後、時の神殿でシークから光のプレリュードを教えてもらう前に倒したことのあるボスと再戦できるようになったというようなセリフが追加されています。
それ以降、リンクの家のベッドを調べるとボスチャレンジで遊べるようになります。
リンクの家の前と時の神殿内にゴシップストーンによく似たシーカーストーンと呼ばれる石像が新たに設置され、その中に入ると攻略に詰まった時に役立つヒント動画を見ることができます。
ダンジョンの仕掛けが大幅に変化していたり、強くなった敵（攻撃力2倍）が出るなど難易度が強化された“裏バージョン”も収録。このバージョンは左右が反転した鏡面世界になる模様で「GC 裏」ともまた違います。そちらをプレイ済みの人も新たな気持ちで遊べるはず。ミラーモードなのでリンクは右利きになります。
ただし“表”を一度クリアしないと“裏”はアンロックされません。
リンクの家のベッドを調べると休む事ができ、体力も回復できます。
パチンコなどの一人称視点状態での視点の移動を 3DS 本体を傾けて行えます（モーションセンサーとジャイロセンサー）。
オリジナル版ではセレクトアイテムは C ボタンの右/左/下の3つにしか登録できなかったが、3DS 版では X/Y の物理ボタンに加え、タッチスクリーンの右上/右下をあわせた計4個のアイテムを登録できます。またタッチスクリーンの左下はオカリナ専用ボタンになっています。
3DS では2画面になり、上画面がプレイ画面、そして下画面には常にメニュー画面（装備/マップ/アイテムのいずれか）が常に表示されています。
またプレイ画面に表示される内容もオリジナル版と 3DS 版では若干変化。
| オリジナル版 | 3DS版 | |
|---|---|---|
| エリアマップ | プレイ画面・右下 | 上画面・左下 |
| アクションアイコン | プレイ画面・上部 | 上画面・右下 |
| ライフゲージ | プレイ画面・左上 | 下画面・上部 |
| Cアイテム | プレイ画面・右上 | 下画面・右側 |
| ルピー | プレイ画面・左下 | 下画面・左 |
| 魔法メーター | プレイ画面・左上 | 下画面・上部 |
| Bボタンアイコン | プレイ画面・上部 | 上画面・右下 |
オリジナル版ではプレイ画面に所狭しと並んでいたアイコン等が、リメイク 3DS 版では「エリアマップ」と「アクションアイコン」を残して下画面にごっそり移動。そのおかげで 3DS 版のプレイ画面（上画面）はオリジナル版に比べると、かなりすっきりした印象を受けます。
N64 ではオカリナを3つの C ボタンのいずれかに登録して使いましたが、3DS ではタッチスクリーンの左下にオカリナ専用ボタンが新設されています。
N64 では「Cスティック」と「Aボタン」でオカリナを演奏していましたが、3DS では「A/X/Y/L/Rボタン」を使います。
| 音 | N64 | 3DS |
|---|---|---|
| レ | A | L |
| ファ | C↓ | R |
| ラ | C→ | Y |
| シ | C← | X |
| レ | C↑ | A |
N64 と 3DS、それぞれの曲の楽譜は「オカリナの曲」のページを参照してください。
またボタンではなくタッチスクリーンを使ってもオカリナの演奏も可能です。
オカリナ演奏時のタッチスクリーンの画面は左図のようになっており、「A/X/Y/L/R」部分をタッチすると音が出ます。
下画面に楽譜を表示しながらオカリナを演奏することもできるので、曲を忘れても心配いりません。
3DS 版には「もだえ石」に変わるアイテム「ひびき石」が登場します。
3DS には振動機能がないので、ひびき石が隠された何かに反応する時は音とアイコンの点滅て知らせてくれます。
セーブ画面上で操作方法の変更が「オプション」からできます。
N64 版ではなかった「カメラ操作」と「モーションセンサー」の項目が追加されています。
オリジナル版も発売時としては美麗なグラフィックでしたが、3DS でリメイクされた「時のオカリナ3D」ではさらにクォリティがアップ。キャラクターの表情もより豊かになっています。
そして上画面の表示は裸眼立体視（3D表示）に対応。3D 表示をオフにして 2D でもプレイが可能。
オリジナル版では 15〜24fps だったフレームレートが、3DS 版では 30fps に増加。
アイテム欄のアイテムの場所を自由に変更できるようになっています。
また N64 版では C ボタンに一度アイテムをセットすると、以降基本的に外せません（空欄にできない）が、3DS 版では外すことが可能になりました。
フックショットの照準が赤い点だけだったのが、一条の赤い線も同時に表示されるように変更されています。
ブーツもセレクトアイテムとして扱われるようになり、4つのボタンのいずれかに登録できるようになりました。この変更によりボタン一発でブーツの着脱が可能になり、N64 版の様にいちいちポーズボタンでゲームを中断し、ブーツを着脱する必要がなくなります。
N64 版ではヘビィブーツを履いている時は移動速度が遅くなっていましたが、3DS 版では地上のみ遅くなり、水中では走れるようになっています。
魔法の矢の選択が、妖精の弓を選択した際に選ぶようになりました。
また、魔法の矢を手に入れた際に、妖精の弓のアイコンの上に魔法の矢のアイコンが小さくつきます。
はじめて大人時代になった時、N64 版ではCアイテムに「デクの実」「バクダン」「オカリナ」が自動セットされていましたが、3DS 版では全て空欄になっています。
特定の扉の周囲に識別しやすいように色が付きました。水の神殿では水位によって行ける場所が決まっていましたが、扉が色分けされる事でどこに行けてどこに行けないか判別しやすくなります。
前述の通り、ヘビィブーツのセレクトアイテム化と水中で走れるようになる仕様変化に伴い、色々と面倒くさかった水の神殿の攻略が楽になりました。
N64 版では柵の中にクリスタルスイッチがあって回転斬りで作動させる仕掛けが、3DS 版ではクリスタルスイッチが柵の外に設置されていて、柵越しに回転斬りする必要がなくなっています。
この仕掛けがあったのは
黄金のスタルチュラ無限増殖バグが修正されました。
盾突きの攻撃力と特性が、直前に攻撃したものの影響を受けなくなった。
例：ハンマーを振った後、木箱に剣で盾突きしても木箱が壊せなくなった。
水中でフックショットを打ち込んだ時や宝箱に回転アタックした直後に、大宝箱を開けることができていたので、GC裏の水の神殿は水位を変えずにクリアできたが、3DS裏ではできなくなった。
やわらかい土にムシを放すと、3匹とも土の中に入ってしまい、ビンでムシを回収できなくなった。（やわらかい土以外ではムシの無限増殖は可能）
漢字にルビ（ふりがな）が付くようになっています。
森の聖域のオヤブリンの所に初めて来た時に、オヤブリンがリンクを挑発するように笑う。
森のメヌエットでワープした場合、N64 版ではオヤブリンのバックを取れたが、3DS 版ではこちらを向いている。
エンディングでN64版のスタッフロールの後に、3DS版のスタッフロールが追加。
「THE END」の後にカカシの歌が流れない。
ゲームオーバー回数が記録されなくなりました。
Wii 用「ゼルダの伝説 スカイウォードソード」の主人公リンクが描かれたポスター/絵がある。
リーバに対するナビィの反応＆注目時のポインタの色が、緑から黄色に変更（黄色＝敵なので、本来はこちらが正しい）。