前作「ゼルダの伝説 時のオカリナ」でハイラルの地を魔の手から救って数ヶ月後、リンクは「タルミナ」という不思議な世界に迷い込みます。タルミナはハイラルと似ているけれど、どこか違う一種のパラレルワールドです。
タルミナ平原の中央には様々な人が住むクロックタウンという町があり、そこを中心に四方に4つの地方が拡がっています。
各地方には1つずつ神殿があり、それぞれ強力なボスが待ち受けています。
| 方角 | 地方 | 神殿 |
|---|---|---|
| 南 | 沼：ウッドフォール地方 | ウッドフォールの神殿 |
| 北 | 山：スノーヘッド地方 | スノーヘッドの神殿 |
| 西 | 海：グレートベイ地方 | グレートベイの神殿 |
| 東 | 谷：イカーナ地方 | ロックビルの神殿 |
タルミナには前作の舞台ハイラルで出会った人に瓜二つの人物がたくさん登場します。似ているけれど、別人という設定です。
| ゼルダの伝説 ムジュラの仮面 | ゼルダの伝説 時のオカリナ |
|---|---|
| アンジュさん（宿屋の娘） | コッコねえさん |
| アンジュのおばあさん | クスリ屋のオババ |
| マニ屋のおじさん | つりぼりのおっちゃん（大人時代） |
| 雑貨屋の主人 | つりぼりのおっちゃん（子供時代） |
| ゴーマン兄弟/ゴーマン座長 | インゴー（ロンロン牧場の馬の世話係） |
| ミルクバーの店主 | タロン（ロンロン牧場当主） |
| クリミアさん（ロマニー牧場当主） | マロン（ロンロン牧場の娘・大人時代） |
| ロマニー（クリミアの妹） | マロン（ロンロン牧場の娘・子供時代） |
| ボンバーズ | 墓場で遊ぶ子供 |
| シャープとフラット（イカーナ王家に仕えた作曲家兄弟） | シャープとフラット（ハイラル王家に仕えた作曲家兄弟） |
| ポストマン（郵便局員） | マラソン男 |
| ムトー（大工） | 大工の親方 |
| ナデクロさん（コッコ小屋の飼育係） | 大工の親方の息子 |
| グル・グルさん（ゴーマン一座・楽師） | 風車小屋の男 |
| 剣道場の先生 | じゅうたん商人 |
| アカとアオ（ゴーマン一座・ジャグリング） | 城下町（子供時代）/カカリコ村（大人時代）にいる2人組の男 |
| ハニーとダーリン | 城下町のカップル |
| ママム・ヤン | 城下町に住む犬を飼っているおばさん |
| シロウくん（影の薄い兵士） | ハイラル王国の兵士 |
| コタケ | コタケ（魂の神殿のボス） |
| コウメ | コウメ（魂の神殿のボス） |
| 宝箱屋のお姉さん | ボムチュウボウリングのお姉さん |
| ダンペイ（イカーナ・墓守） | ダンペイ（カカリコ村・墓守） |
| 天文台のシカシ | 城下町（子供時代）/カカリコ村（大人時代）に住む老人 |
| 銀行員 | Cアイテムを買う人 |
| 雑貨屋のアルバイト | カカリコ村の屋根にいる男 |
| アベール（海賊の首領） | ゲルドの砦を任されているゲルド族 |
| 女海賊 | ゲルド族 |
| スノーヘッドの神殿前にいる巨大なゴロン | ダイゴロン |
| 大バクダン屋 | チュウゴロン |
| サコン（スリ） | 城下町を忙しそうに走る男 |
| バクダン屋の主人 | ボムチュウ屋の主人 |
| 海洋研究所の博士 | みずうみ研究所の博士 |
| 漁師 | 宝箱くじ屋の主人 |
| ゾーラ海岸の漁師 | 宝箱屋の主人 |
| イカーナへの道に現れる謎の人 | ゴーストショップの主人 |
| ルル（ゾーラバンド「ダル・ブルー」のボーカル） | ルト（ゾーラ族の姫・大人時代） |
| トト（ゾーラバンド「ダル・ブルー」のマネージャー） | キングゾーラ（ゾーラ族の王様） |
| ポウマスター | ゴーストショップの男 |
以下の人物たちは前作には登場しなかったオリジナルキャラクターです。
エンディングの「ウヒヒッ… オマエ 森で オイラに歌を教えてくれた 妖精の子と 同じニオイがする」というセリフから、スタルキッドは前作に登場したスタルキッドと同一人物と考えられます。前作でのイベントの詳細については「ゼルダの伝説 時のオカリナ3D：迷いの森＞イベント（子供時代）」を参照してください。
またしあわせのお面屋もハイラル城下町で店を開いていたお面屋と同一人物の可能性があります。
今作のお面屋はもともとタルミナの住人ではなく、お面を探す旅の途中にスタルキッドに襲われています。タルミナ以外でそっくりさんが2人いる事は考えにくい事から、ハイラルで出会ったお面屋がタルミナにも出張してきたと考えた方が納得がいきます。
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