ゼルダ無双 封印戦記 攻略TOP『ゼルダ無双 封印戦記』には4（+1）種類の難易度が用意されています。
デフォルト難易度は「ノーマル」で、最高難易度「禁忌」はゲームクリア後に解禁されます。
マップ画面で [-] ボタンを押してシステムメニューを開き、「オプション」→「環境設定」→「難易度」から難易度を変更できます。
| - | イージー | ノーマル | ハード | ベリーハード | 禁忌 |
|---|---|---|---|---|---|
| 敵の攻撃力 | 低 ← ・ ← ・ → ・ → 高 | ||||
| 敵の防御力 | 低 ← ・ ← ・ → ・ → 高 | ||||
| Rボタン長押し中 | スローになる | スローにならない | |||
| レベルアップ時の回復 | あり | なし | |||
| 固有技再使用時間 | 70% | 100% | 200% | 300% | |
| バッテリー回復時間 | 70% | 100% | 180% | 300% | |
| 野営地 | 操作キャラのハート回復：あり | ||||
| バッテリー回復：あり | なし | ||||
| スペアバッテリー補充：あり | なし | ||||
| 特製携行食補充：あり | なし | ||||
| リトライ | 直前のチェックポイントから | 最初から | |||
※ 難易度の違いによって報酬に差はありません（「禁忌」除く）。
シナリオ「6章：もう一つの決戦」をクリアしてエンディングを見ると、最高難易度「禁忌」が解禁されます。
「禁忌」モードでバトルをクリアすると、必ず報酬として「高純度ゾナニウム鋼」が手に入ります。
また難易度「禁忌」でのバトル（シナリオとバトルチャレンジ）を一定数クリアするごとに、特別な報酬がもらえます。
| 「禁忌」バトル クリア数 | 報酬 |
|---|---|
| 1 |
|
| 3 |
|
| 5 |
|
| 10 |
|
| 15 |
|
| 20 |
|
| 25 |
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| 30 |
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| 40 |
|
| 以降 |
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※ 「高純度ゾナニウム鋼 x5」の内訳は：