攻撃は通常攻撃（Y）と強攻撃（X）の組み合わせでコンボが発動します。
例えば、下記の図はリンクの武器「片手剣」のコンボを表しています。
X ボタンを押す前に何回 Y ボタンを押したかによって、発動する技が変化します。
リンク・片手剣の場合、YX（強2） ＝ 斬り上げ、YYX（強3） ＝ 盾サーフィン、YYYX（強4） ＝ 回転斬り。
ハイラルチャレンジにはコンボを追加するものがあり、片手剣のコンボは最終的に以下のようになります。
基本的に押すボタンが多いコンボほど強力な技になります。
頭上に赤い体力ゲージが表示されている強敵の近くで右スティックを押し込むと、その敵に注目することができます。
注目することで対象を常に画面の中央にとらえ続けるようになります。
強敵が複数いる場合は、右スティックを再度押し込むことで対象を変更できます。
画面左上にある体力ゲージ（ハート）の下に黄色い必殺技ゲージがあります。
攻撃を繰り出すと少しずつ必殺技ゲージが溜まっていき、ゲージ満タンの状態で A ボタンを押すとゲージを消費して強力な攻撃「必殺技」を繰り出せます。
初期状態では必殺技ゲージは1本しかありませんが、必殺技ゲージを追加するハイラルチャレンジをクリアすることで、ゲージが最大3本に増えます。
B ボタンを押すと回避行動を取れます。
敵の攻撃をタイミングよく回避すると、回避ジャストが発動し、その敵にウィークポイントゲージが表示され、ラッシュ攻撃を繰り出せます（後述）。
ZL ボタンを押している間、敵の攻撃をガード（防御）できます。
盾を装備しているキャラ（リンクの片手剣など）は、ガード中、敵の攻撃に合わせてタイミングよく Y ボタンを押すとガードジャストが発動し、敵の攻撃を弾き返すことが可能です。
R ボタンを押している間は時間の進み方がゆっくりになり、シーカーアイテム選択画面が表示されます。
この時に A/B/X/Y ボタンを押すと、そのボタンに対応したシーカーアイテムを使用できます。
シーカーアイテムは何も消費せずに何度でも使用できますが、一定時間が経過しないと再使用できない仕組みになっています。
ハイラルチャレンジをクリアすることで、再使用までの時間を短縮できます。
もっと詳しい情報は「シーカーアイテム」のページを参照。
L ボタンを押している間は時間の進み方がゆっくりになり、携帯アイテム選択画面が表示されます。
この時に A/B/X/Y ボタンを押すと、そのボタンに対応した携帯アイテムを使用できます。
携帯アイテムはストック制で、攻撃アイテムであるロッド系は各3個、回復アイテムであるリンゴは5個まで一度に所持できます。
最大ストック数はハイラルチャレンジをクリアすることで増やせます。
もっと詳しい情報は「携帯アイテム」のページを参照。
以下のいずれかの行動で、敵のウィークポイントゲージを出すことができます。
また敵が大技を繰り出した後にも、ウィークポイントゲージが表示されます。
ウィークポイントゲージが表示されている間は、時間の進み方がゆっくりになり、Y ボタンでラッシュ攻撃ができます。
ラッシュ時は連続で攻撃を叩き込めますが、コンボ攻撃にはなりません。
ラッシュ攻撃を繰り出し、ウィークポイントゲージを削り切ると、X ボタンでウィークポイントスマッシュを決められます。
ウィークポイントスマッシュは通常よりも多くのダメージを与えることができます。
炎・氷・雷の3つの属性が存在します。
自キャラが属性攻撃を受けると：
敵に対しては3種のロッド（ファイアロッド・アイスロッド・エレキロッド）以外に、バクダン樽の爆発で炎属性攻撃になります。
属性攻撃を仕掛けてくる敵は：
| 炎 | 氷 | 雷 | |
|---|---|---|---|
| ウィズローブ系 | ファイアウィズローブ メテオウィズローブ | アイスウィズローブ フリーズウィズローブ | エレキウィズローブ ボルトウィズローブ |
| チュチュ系 | ファイアチュチュ | アイスチュチュ | エレキチュチュ |
| キース系 | ファイアキース | アイスキース | エレキース |
| イシロック系 | マクロック | カチロック | |
| リザルフォス系 | 火吹きリザルフォス | 雹吐きリザルフォス | シビレリザルフォス |
| モリブリン系 | 炎のモリブリン | 氷のモリブリン | 雷のモリブリン |
| イワロック系 | マグロック | ガチロック | |
| ヒノックス系 | 炎のヒノックス | 氷のヒノックス | 雷のヒノックス |
| ライネル系 | 炎のライネル | 氷のライネル | 雷のライネル |
| ガーディアン系 | 炎のガーディアン | 氷のガーディアン | 雷のガーディアン |
| カースガノン系 | 炎のカースガノン | 水のカースガノン | 雷のカースガノン |
| 敵以外 | バクダン樽の爆発 |
上記以外では、ライネルの火炎は炎属性、ライネルの電気の矢は雷属性です。
通常のウィークポイントゲージとはまた別に属性ウィークポイントゲージも存在します。
属性ウィークポイントゲージは最初から”ひび”が入った状態なので、通常のウィークポイントゲージよりも削りやすくなっています。
属性持ちの敵に対して弱点を突くと、属性ウィークポイントゲージが出ます。
氷の魔物に対してファイアロッドを使うとウィークポイントゲージが赤になります。同様に炎の魔物に対してアイスロッドを使うとウィークポイントゲージが青くなります。
それ以外では以下のシチュエーションで、属性ウィークポイントゲージが出ます。
※ 属性持ちの魔物は同属性攻撃は無効。
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