夢幻の砂時計 攻略TOP『ゼルダの伝説 夢幻の砂時計』では、対戦専用のゲームも遊べます。
3種類の対戦方法が用意されています。
両プレイヤーとも、メルカ島のタレサンのマジカルボックスに「おたから」か「船のパーツ」を入れていた場合、勝敗に関係なくマジカルボックスの内容物が交換されます。
対戦メニュー画面のプレイヤーの名前の横には、対戦時のプレイヤーのマナーがリンクの表情で表されています。
バトルを途中でやめるようなプレイをし続けると少しずつ険しい顔になります。勝敗が決まるまでプレイし続けることで、少しずつ笑顔に戻ります。
Wi-Fi 対戦時には同じマナーマーク同士で繋がるようになります。
1P（赤）対 2P（青）で「フォース」を奪い合うゲームで、1回戦につき「リンク（攻撃）」と「ファントム3体（守備）」それぞれの立場で1度ずつプレイし、3回戦終了時の得点で勝敗が決まります。
| - | 1回戦 | 2回戦 | 3回戦 | |||
|---|---|---|---|---|---|---|
| 前半 | 後半 | 前半 | 後半 | 前半 | 後半 | |
| 1P | リンク | ファントム | リンク | ファントム | リンク | ファントム |
| 2P | ファントム | リンク | ファントム | リンク | ファントム | リンク |
対戦モードには8つのステージが用意されています。
ステージを選ぶプレイヤーはランダムで決まります。
※ ステージ選択画面で「ランダム」を選ぶか、ステージを選ばずに20秒経過すると、8つのステージから無作為に1つのステージが選ばれます。
■ - 聖域、■ - 1P 陣地、■ - 2P 陣地、アルファベット - 階段のつながり（A⇔A、B⇔B、C⇔C、D⇔D）。
目的：ファントムに倒されないように、フォースを持ち運んで自分の陣地に置く。
目的：リンクからフォースを守りつつ、リンクを倒して攻守交代を狙う。
お助けアイテムとはランダムに出現し、入手するとゲームを有利にしてくれる物です。
出現したお助けアイテムは 1P 用は●、2P 用は●がマップ上に表示されます。
「△！」だけは赤/青丸に△が付いた専用アイコンで他のお助けアイテムと区別できます。
| アイテム | 効果 |
|---|---|
| 砂時計 | 制限時間が30秒伸びる。 |
| ペガサスの靴 | 移動速度が速くなる（20秒間）。 |
| リンク | 分身して相手の目をくらませる（30秒間）。 |
| 盾 | 1回だけファントムからの攻撃を耐える。 |
| パワーグローブ | 重いフォース（大/中）を持ち運んでも、動きが遅くならない（20秒間）。 |
| △！ | フォースの場所がシャッフルされる。 |
| アイテム | 効果 |
|---|---|
| 砂時計 | 制限時間が30秒減る。 |
| ペガサスの靴 | 移動速度が速くなる（20秒間）。 |
| ファントム | 分身して相手の目をくらませる（30秒間）。 |
| 剣 | 攻撃範囲が大きくなる（30秒間）。 |
| 風の壁 | 風の壁ができる（20秒間）。 （リンクは通れないが、ファントムは通れる） |
| △！ | フォースの位置がシャッフルされる。 |