大きな違い

グラフィック
SFC 版ではドット絵だったグラフィックが、リメイク版では完全 3D 化。
フルボイス
6人の主人公たちに加え、主要キャラや重要な情報をくれるモブなどに声が当てられています。
イベント中はもちろん、戦闘中やフィールドでサイドトークによる掛け合いで喋ります。
（設定からボイス音量をゼロにすることでボイスなしにしたり、日本語から英語に切り替えることも可能）
エンディング後に新エピソード
ラスボスを倒してエンディングを迎えた後、新エピソードが加わり、キャラクターたちの冒険をより深く知ることができます。
クラス4の新設
上述の新エピソード内で、新たにクラス4にクラスチェンジできるようになっています。
強くてニューゲーム
新エピソードをプレイし終えたセーブデータがあると、ルク・通常のアイテム・リンクアビリティなど一部データを引き継いだ状態で最初からプレイできます。過去の周に参加していないキャラを選んだ場合は、レベルが1から始まります。
アレンジBGM
菊田裕樹氏監修で全 BGM がアレンジされています。
（設定からオリジナル音源に切り替えてプレイすることも可能）

新システム

育成
レベルアップすると「育成ポイント」を獲得し、それを「力・守・知性・精神・運」のいずれかに割り振る育成システムを搭載。ポイントの割り振り方によって覚えられる特技などが変わるので、SFC 版よりもカスタマイズ性が大幅に増しています。
オートセーブ
適度に自動的にセーブされます。
サボテン君を探そう
世界各地に隠れているサボテン君を探すという要素が追加。たくさん見つけると何か良いことがあります（特典内容は調査中）。
マップ
町・フィールド・ダンジョンマップを呼び出すことができ、迷いにくくなっています。フィールドとダンジョンのマップは到達した部分までマッピングされる仕様です。
目的
次になすべきこと、そしてその目的を達成するために行かなければいけない場所が画面上に表示されます。
クラスリセット
「女神の天秤」というアイテムを所持した状態でマナストーンを調べると、クラス1に戻せます。

戦闘関連

  • 強攻撃・弱攻撃・回避・ジャンプと動作が増えたため、戦闘はアクション要素が増しています。
  • 敵の特殊攻撃は予兆として攻撃範囲が赤く表示されます。
  • ノーダメージや短時間で戦闘を終わらせる、必殺技で敵を倒すとバトルボーナスとして経験値がより多くもらえます。
  • 難易度を4つ（ベリーイージー/イージー/ノーマル/ハード）から選べます。難易度を上げると被ダメージが増え、与ダメージが減ります。
  • 一部の敵は「アーマー」を持っていて、アーマーを破壊しないとダメージが与えにくくなっています。
  • 設定から必殺技や召喚の演出をオフにできます。
  • 魔法などを敵に対して使う際、属性によって「弱点」や「無効」と表示されます。
  • SFC 版では最後の敵を倒すとアイテムが入っていた宝箱を落としましたが、リメイク版ではアイテムを直接入手できます。この変更により罠がかかった宝箱（トラップルーレット）も廃止されています。
  • 必殺技の SP ゲージは戦闘ごとにリセットされません。
  • よく使うアイテムや特技を L/R ボタンにショートカットとして登録できます。

その他

  • 植木鉢にレベルが設定されていて、種を植えることでレベルアップします。植木鉢のレベルが上がると、敵が種をドロップしやすくなります。また種から良いアイテムが出やすくなります。
  • フィールドなどにアイテムなどが入った宝箱やツボが置いてあります。またキラキラ光る場所を調べてもアイテムなどが手に入ります。
  • フラミーで飛行中、降下できるポイントが光って分かりやすくなっています。
  • 仲間加入時にその仲間の過去（オープニング）を追体験できます。
  • ステータスが6つから5つに整理されています（力・知性・精神・運が残り、素早さ・体力がなくなり、守りが追加）。
  • 新しいアイテムや魔法が追加されています。
  • 非戦闘時のリングコマンドに「ほぼ回復」と「全回復」が追加されています。
  • セーブスロットが12個（SFC版では3個）。
  • 4つの難易度（ベリーイージー・イージー・ノーマル・ハード）から選べます。
  • ケヴィンのクラス3「デルヴィッシュ」と「デスハンド」、SFC版では前者が「闇闇」で後者が「闇光」だったのが、リメイク版では逆になっているようです。
  • SFC版にはあった2人プレイには未対応。
  • SFC版ではデュラン/アンジェラを主人公にした場合のみブラックラビと戦えたが、リメイク版では誰が主人公でも戦えます。
  • SFC版では矛盾していた一部のセリフなどを、辻褄が合うように調整（例：ジンを助けに風の王国ローラントへ向かうあたりのセリフ）。
  • デュラン専用防具、一部の盾に属性ダメージを軽減する効果が付いています。