深穴とは天変地異の影響で開いた地底へと一直線に続く縦穴のことです。
大小さまざまありますが、いずれも瘴気が漏れ出しており、用がなければ無闇に近付かない方がいい場所です。
本作では地底に向かわないといけない場面が多々あります。パラセールがあれば、地上から地底へと安全に降りることができます。
地上のマップにも描かれている瘴気から、多くの深穴はマップ上からも確認可能です。
深穴に近づくと「発見！ ○○の深穴」と画面上に表示され、マップに深穴の名前とアイコンが表示されるようになります。
洞窟の中など地表に露出していない深穴もあり、それらはやや見つけるのが難しくなっています。
1. リトの村の深穴
（タバンタ辺境）
2. 北ローメイの深穴
（ヘブラ山脈）
3. ウォルナー高地の深穴
（ハイラル大森林）
4. エルム丘陵の深穴
（ハイラル大森林）
5. デクの樹サマの深穴
（ハイラル大森林）
6. チロリの森の深穴
（ハイラル大森林）
7. デスマウンテンの深穴
（デスマウンテン）
8. ドクロ池の深穴
（奥アッカレ）
9. ローメイ島の深穴
（アッカレ海）
10. ヒガッカレ平原の深穴
（アッカレ高原）
11. チクルン島の深穴
（アッカレ高原）
12. ミナッカレ平原の深穴
（アッカレ高原）
13. ゾーラの里地下の深穴
（ラネール大水源）
14. ラネール湿原の深穴
（ラネール湿原）
15. ネルドーラ雪原の深穴
（ラネール山）
16. ゲルド山頂の深穴
（ゲルド高地）
17. イーガ団アジトの深穴
（ゲルド高地）
18. ビリディン高地の深穴
（ゲルド高地）
19. 東ゲルドの深穴
（ゲルド高地）
20. 南ローメイの深穴
（ゲルド高地）
21. ハイラル丘陵の深穴
（ハイラル丘陵）
22. ハイラル城外堀 西深穴
（ハイラル平原）
23. ハイラル城の深穴
（ハイラル平原）
24. ハイラル城外堀 東深穴
（ハイラル平原）
25. ハイラル平原の深穴
（ハイラル平原）
26. 時の森の深穴
（ハイラル平原）
27. 始まりの台地 北深穴
（ハイラル平原）
28. 始まりの台地 西深穴
（ハイラル平原）
29. 始まりの台地 南深穴
（ハイラル平原）
30. 始まりの台地 東深穴
（ハイラル平原）
31. ハイリア湖の深穴
（ハイリア湖）
32. バウメル高地の深穴
（西ハテール）
33. ヒガシノ高台の深穴
（西ハテール）
34. ビトゥオ谷の深穴
（東ハテール）
35. ヒメイダ山の深穴
（東ハテール）
36. サイハテノ島の深穴
（ハテール海）
以下の3つの井戸も地底に繋がっています（深穴ではないので深穴マークは表示されない）。
A. ラーミン平原の井戸
B. ダフネス山の井戸
C. 南ナビ湖の井戸
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