メトロイドフュージョン＞基本操作

ボタン	機能
A	ジャンプハシゴを離す ⇔＋A：回転ジャンプ
B	ショットチャージショット（長押し）ボムセット（ボールの状態で押す）パワーボムセット（R＋ボムセット）
十字	⇔：左右に移動 / ダッシュ（長押し） ↑：銃口を上に向ける / ハシゴを登る / モーフボール解除 ↓：しゃがむ / ハシゴを降りる ↓↓：モーフボールになる
L	銃口を斜め上に向ける＋↓：銃口を斜め下に向ける
R	ミサイルセット＋B：ミサイル発射
スタート	マップ表示マップ画面でR：ステータス画面マップ画面でL：スリープモード
セレクト	＋R＋L：スリープモード解除

※ 「A＋B＋セレクト＋スタート」＝リセット

本作には3段階の難易度が用意されています。

初期状態では「EASY」か「NORMAL」しか選べませんが、「NORMAL」をクリアすると「HARD」が選べるようになります。

「EASY」ではマップ画面にアイテム回収率とプレイ時間が表示される。
「EASY」では一部の敵の攻撃パターンが変化する。
「HARD」では敵から受けるダメージが50%増える。
「HARD」ではタンクを入手した際のアイテム上限増加量が「EASY/NORMAL」より少ない（エネルギータンク：100→50、ミサイルタンク：5→2、パワーボムタンク：2→1）。
X を吸収した際の体力・ミサイル回復量が難易度によって違う。

セーブルーム（マップで [S]）とスターシップ（スタート地点）でデータをセーブできます。

セーブルームでセーブユニットにのると、データをセーブするかどうか聞かれるので「YES」を選択しAボタンで決定すると、セーブできます。