3DS 版の新規要素
新プレイアブルキャラ+武器
5人のキャラが新たに参戦。
- テトラ(武器:カトラス)
 
- ハイラル王(武器:帆)
 
- トゥーンリンク(武器:片手剣)
 
- スタルキッド(武器:オカリナ)
 
- リンクル(武器:ボウガン)
 
ガノンドロフに新武器「トライデント」が追加。
WiiU 版と 3DS 版を両方とも購入すれば、WiiU 版でも新キャラおよび新武器が使用可能。
新ステージ
「ゼルダの伝説 風のタクト」をモチーフにした新ステージが2つ追加。
新シナリオ
レジェンドモードに「風のタクト編」と「リンクル編」が追加。
新アイテム
新たに2種類のアイテムが追加。
- オカリナ - 戦場に点在する「大翼の石像」にワープできる。
 
- ハンマー - 周囲の敵を気絶させる。
 
アドベンチャーモード
アドベンチャーモードに「大海原マップ」が追加。
これにより黄金のスタルチュラが20匹増え、新しいイラストが入手可能。そしてイラストを完成させれば、新しいごほうびマップで遊べる。
また有料 DLC として「“裏”大海原マップ」、「コホリントマップ」、「大冒険マップ」、「ロウラルマップ」を購入可能。
マイフェアリー
自分だけの妖精を育てる新モード「マイフェアリー」が追加。
- アドベンチャーモードでマイフェアリーを見つけると仲間になる。
 
- フェアリーマジック - 魔力ゲージを消費して使える魔法
 
- フェアリーウェア - フェアリーを着替えさせることでフェアリーマジックの威力が変化
 
- フェアリーフード - 食べ物を与えてマイフェアリーを成長させられる
 
新システム
- プレイヤーチェンジ - 下画面に表示される顔アイコンをタッチすると、操作キャラを切り替えられる。
 
- オカリナワープ - 戦場に点在する「大翼の石像」にワープできる。
 
- スマッシュブーストパワー - 巨大ボスと戦闘中に味方 NPC が集まると、味方に有利な効果が発生する。
 
- 味方への命令 - 味方 NPC へ行き先を指示できる。
 
敵
新しい敵が追加。
- 大怪鳥ジ—クロック
 
- ファントムガノン
 
- オヤブリン
 
- 石鎧オヤブリン
 
- プチブリン
 
- プチブリン兵
 
- チュチュ
 
武器
- Lv4 武器はドット武器から裏武器に変更。攻撃力は500へと大幅に増加。
 
- 新たに Lv4+ 武器が追加。通常の属性とは別にもう1つ属性が付いている。
 
- WiiU 版では「冒険マップ」で Lv3 までの武器が入手できたが、3DS 版では「冒険マップ」は Lv1 のみに変更。Lv2 は「大海原マップ」、Lv3 は「“裏”冒険マップ」、Lv4 は「黄昏マップ」と「タルミナマップ」で入手できる。